Class GtexExperiment


  • public class GtexExperiment
    extends java.lang.Object
    A 'column' in a GTEx file (values from one experiment
    Author:
    pcingola
    • Constructor Summary

      Constructors 
      Constructor Description
      GtexExperiment​(Gtex gtex, java.lang.String line)  
      GtexExperiment​(Gtex gtex, java.lang.String id, java.lang.String tissueType, java.lang.String tissueTypeDetail)  
    • Constructor Detail

      • GtexExperiment

        public GtexExperiment​(Gtex gtex,
                              java.lang.String line)
      • GtexExperiment

        public GtexExperiment​(Gtex gtex,
                              java.lang.String id,
                              java.lang.String tissueType,
                              java.lang.String tissueTypeDetail)
    • Method Detail

      • add

        public void add​(double value)
      • getGtex

        public Gtex getGtex()
      • getId

        public java.lang.String getId()
      • getTissueType

        public java.lang.String getTissueType()
      • getTissueTypeDetail

        public java.lang.String getTissueTypeDetail()
      • getValue

        public double getValue​(int idx)
      • getValue

        public double getValue​(java.lang.String geneId)
        Get value by geneID
        Parameters:
        geneId -
        Returns:
      • parse

        protected void parse​(java.lang.String line)
      • size

        public int size()
      • toString

        public java.lang.String toString()
        Overrides:
        toString in class java.lang.Object
      • toStringAll

        public java.lang.String toStringAll()